王敦手握朝政大权

王敦起兵打的旗号是清君侧，而此时刁协伏诛、刘隗北逃，朝中“奸臣”业已清除。但他却继续拥兵石头城，不但不到台城朝见司马睿，反而纵兵四处劫掠。建康大乱，台城中的官员、卫士尽皆逃散，只剩安东将军刘超与两名侍中随侍在司马睿身侧。司马睿无奈，只得遣使向王敦求和。他命公卿百官到石头城拜见王敦，同时大赦天下，宣告王敦等无罪，以王敦为丞相、都督中外诸军事、录尚书事、江州牧，封武昌郡公，食邑万户。至此，朝政大权尽归王敦，司马睿被彻底架空。

王敦掌权后，因戴渊、周顗素有人望，将二人收捕杀害。当时，甘卓仍停驻于猪口。王敦以朝廷的名义发出驺虞幡（绘有驺虞图形的旗帜，用以传旨解兵），命甘卓退兵。甘卓担心继续进攻武昌会逼得王敦劫持天子，遂下令撤军。乐道融与都尉秦康都认为应继续进军，并建议甘卓分兵截断彭泽湖口（彭泽湖长江入口，在今江西湖口），断绝王敦在建康与后方武昌的联系，然后一鼓解决王敦。甘卓不听，径自撤回梁州。随后，王敦又对朝廷官员及军镇将领进行了一番调整。

王敦当时驻兵石头城，一直不肯到台城朝见司马睿。长史谢鲲试图劝说王敦，让他朝见天子，以消除君臣之间的隔阂。但王敦却担心入朝时会发生变故，竟“不朝而去”，径自回镇武昌，遥控朝政。不久，魏乂攻破湘州，擒获司马承，将其用槛车解送武昌。王敦命荆州刺史王廙在半路将司马承杀害，同时又指使襄阳太守周虑袭杀甘卓，控制了湘州、梁州这两个能够牵制江州的军事重镇。而与此同时，沈充亦由吴兴攻入吴国（治今江苏省苏州市），杀死了吴国内史张茂。

王敦在武昌大肆谋害忠良，扶植亲党，后又自领宁、益二州都督。[62]他还取消司徒一职，将司徒府官属全部并入自己的丞相府。司马睿因大权旁落，于是年（322年）年末忧愤而死。司马绍即位，史称晋明帝。[64]当时，王敦因司马绍勇而有谋，欲诬以不孝之名将其废黜，但却遭到温峤等大臣的强烈反对，最终未能得逞。他为了就近掌控朝政，又暗示朝廷征己入朝。司马绍遂手诏征召王敦入朝，授其假黄钺以及“奏事不名，入朝不趋，剑覆上殿”等殊礼，赐班剑甲士二十人。